Από το 2000, η συλλογή εντάχθηκε στο Κρατικό Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης Θεσσαλονίκης και βρήκε προσωρινό σπίτι στη Μονή Λαζαριστών. Έκτοτε, τα έργα της έχουν ταξιδέψει σε δεκάδες διεθνείς εκθέσεις, από το Λονδίνο, τη Μαδρίτη και το Παρίσι, έως τη Νέα Υόρκη και τη Μόσχα.
Στη νέα της έδρα, η Συλλογή Κωστάκη θα αποκτήσει τον μόνιμο χώρο που της αξίζει: ένα σύγχρονο μουσείο με μόνιμη έκθεση, ερευνητικό κέντρο, βιβλιοθήκη με τη δωρεά Bowlt–Misler, που περιλαμβάνει περισσότερα από 40.000 σπάνια βιβλία και αρχεία, καθώς και εργαστήρια συντήρησης, εκπαιδευτικά προγράμματα και διαδραστικούς χώρους για το κοινό.

Παράλληλα, στο ίδιο συγκρότημα, η Κρατική Ορχήστρα Θεσσαλονίκης, ο σημαντικότερος φορέας συμφωνικής μουσικής στη Βόρεια Ελλάδα και ένας από τους κορυφαίους πολιτιστικούς οργανισμούς της χώρας, αποκτά για πρώτη φορά τη δική της μόνιμη στέγη. Έναν χώρο αντάξιο του έργου της, που θα προάγει τη μουσική δημιουργία υψηλής ποιότητας και θα διασφαλίζει την πρόσβαση όλων των πολιτών στη μουσική και τον πολιτισμό.